Los DTE se anulan según su tipo:

• Factura se anula con nota de crédito
• Factura exenta se anula con nota de crédito
• Boleta se anula con nota de crédito
• Boleta exenta se anula con nota de crédito
• Nota de crédito se anula con nota de débito
• Nota de débito se anula con nota de crédito
• Factura de exportación se anula con nota de crédito de exportación
• Nota de crédito de exportación se anula con nota de débito de exportación
• Nota de débito de exportación se anula con nota de crédito de exportación

Para cualquier caso, se debe proceder así:

1. Ir a la página del documento emitido que se desea anular
2. Click en pestaña “Referencias”
3. Click en anular documento
4. Verificar datos del documento y colocar razón de anulación
5. Emitir documento con proceso normal

Más información en esta pregunta del SII.

Se debe generar una nota de crédito con exactamente los mismos datos, detalles y valores. Se recomienda hacer una referencia desde la pantalla de la factura emitida, en la pestaña Referencias. De esta forma no es necesario escribir todos los datos de la factura a anular y se disminuyen los errores.

Este video explica como hacer una referencia, es para facturar una guía de despacho emitida antes, pero es análogo para anular una factura con una nota de crédito.